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雅马哈于1998年推出了YZF-R1，重新设计了Genesis发动机，通过升高变速箱输入轴并允许变速箱输出轴放置在其下方来制造更紧凑的发动机。这种“堆叠齿轮箱”被其他制造商效仿。压缩发动机使发动机更短，轴距缩短。这允许车架设计将发动机的重量放在车架上，以帮助操纵，因为优化了重心。后摇臂可以在不影响整体轴距的情况下变得更长，总轴距仅为1，385毫米（54.5英寸）。四个40毫米京滨CV化油器为发动机提供燃料。它具有KYB倒置的41毫米前叉和300毫米半浮动盘式制动器。仪表板是电气的，带有自诊断系统和数字速度读数。排气系统使用雅马哈的排气终极动力阀（EXUP），控制废气流量，以最大限度地提高发动机在所有转速下的动力产生。这创造了一个高功率和高扭矩的发动机。雅马哈YZF-R6于1999年推出，是R1超级自行车的600 cc版本。

1999年的R1除了油漆和图形外，只有很小的变化。更多的改进是重新设计了换档连杆，并增加了换档轴的长度。油箱储备容量从5.5升降至4.0升（1.21至0.88英制加仑;1.5至1.1美制加仑），而总油箱容量保持不变，为18升（4.0英制加仑;4.8美制加仑）。

1998年款YZF-R1的摩托车消费者新闻测试显示，0至60英里/小时（0至97公里/小时）的时间为2.96秒，0至100英里/小时（0至161公里/小时）为5.93秒，0至1⁄4英里（0.00至0.40公里）的时间为10.19秒，速度为131.40英里/小时（211.47公里/小时）， 最高时速为168英里/小时（270公里/小时），减速从60英里/小时到0英里/小时（97公里/小时），为113.9英尺（34.7米）。在1999年车型年，Cycle World测试记录了0至60英里/小时（0至97公里/小时）的3.0秒，0至1⁄4英里（0.00至0.40公里）的时间为10.31秒，139.55英里/小时（224.58公里/小时），最高时速为170英里/小时（270公里/小时）

2000年，雅马哈引入了一系列变化来改进自行车，并对车身进行了微小的更改，以允许更好的长时间骑行操控性。雅马哈的主要设计目标是磨砺已有的自行车，而不是重新设计它。干重减少五磅至414磅（188公斤）。